«Запорізький медичний журнал» публікує статті про оригінальні дослідження; аналітичні огляди, з сучасних проблем медицини та фармації (крім синтезу); сучасні концепції технології діагностики і лікування; науково-громадська інформація з конгресів, з'їздів, конференцій; обмін досвідом; короткі повідомлення і випадки з практики; рецензії, звіти, історичні довідки.