Мікробіологічний журнал публікує оригінальні експериментальні статті і аналітичні огляди з мікробіології, вірусології, біотехнології, імунології, молекулярної біології та цитології. У виданні публікуються закінчені експериментальні роботи, оглядові статті, короткі та дискусійні повідомлення, рецензії на видання, статті з історії науки та біографічні портрети видатних вчених, а також наукова хроніка в галузі загальної, ґрунтової, технічної та медичної мікробіології, фізіології промислових мікроорганізмів, експериментальної мікології, теоретичних та прикладних аспектів вірусології, генетики, біохімії та молекулярної біології мікроорганізмів, виробництва нових біологічно активних речовин мікроорганізмів, а також біотехнології та охорони довколишнього середовища з використанням мікроорганізмів.