«Фізіологічний журнал» орієнтований на публікацію оригінальних праць з фізіології, патофізіології та експериментальної медицини. Публікуються оглядові статті визнаних експертів на актуальні теми, а також медичні гіпотези, випадки, листи, звіти про засідання та ювілейні та історичні дати. Доповіді стосуються молекулярного та клітинного рівня, фізіології тканин, органів і систем з акцентом на фізіології людини та тварин.