Гідробіологічний журнал займається прісноводною та морською гідробіологією, водною флорою та фауною, іхтіологією, аквакультурою, санітарною та технічною гідробіологією, екологічною фізіологією та біохімією водних рослин та тварин, водною мікробіологією, токсикологією та радіоекологією, гідропаразитологією, екологічною гідрохімією.